تفاوت مکمل و دارو در هدف های مورد نظر هر کدام نهفته است. آن ها دستههای متفاوتی از زیر مجموعه محصولات بهداشتی و درمانی هستند و اهداف مختلفی را در چارچوبهای نظارتی متفاوت دنبال می کنند. چندین تفاوت اساسی بین این دو گروه وجود دارد که در زیر به تعدادی از مهمترین تفاوت های مکمل ها و داروها اشاره می کنیم: